Na Ilha Chamut, os heróis conhecem o povo dali que está comemorando o Festival das Lendas. O ritual desse festival fala de um escolhido, e quando os habitantes da Ilha Chamut descobrem que Ash é um treinador Pokémon, acham que ele é o escolhido. Os heróis são convidados pra participar da festa e conhecem Melody, uma menina que acaba beijando Ash no rosto, deixando Misty com ciúmes e com raiva ao mesmo tempo. Na festa, Melody toca em sua ocarina uma música que diz que deve ser tocada novamente apenas depois que Ash pegar as três esferas nas Ilhas do Fogo, Gelo e Raio, já que ele é o escolhido. Ash resolve procurar as esferas, embora Melody fale que aquele momento era para ser comemorado e que era perigoso sair durante uma tempestade.

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   O barco de Ash acaba sendo destruído na Ilha do Fogo, porém Ash consegue encontrar a primeira esfera. Melody, Misty e Tracey decidem seguir Ash, que está arriscando sua vida. Ao chegar na Ilha, a Equipe Rocket ataca, mas Zapdos aparece e ataca a Ilha do Fogo. Pikachu se comunica com Zapdos e através de Meowth os heróis e a Equipe Rocket ficam sabendo que Zapdos quer a Ilha do Fogo para ele, já que Moltres não estava mais lá. Nesse ponto, Lawrence III aparece e consegue capturar Zapdos, junto com Ash, Misty, Tracey, Melody, Jessie, James e Meowth. Todos eles conhecem o ambicioso colecionador de Pokémons, que conta seu plano de pegar os três Pokémons lendários. Quando Lawrence III se distrai com Articuno, Ash consegue libertar Moltres com os ataques combinados de Charizard, Bulbasaur, Squirtle e Bulbasaur, e o titã do fogo liberta Zapdos. Assim os dois pássaros lendários começam uma batalha caótica e destroem a grande nave de Lawrence, que cai na Ilha do Raio. Nesse ponto aparecem muitos Pokémons afetados pelo caos que ocorria ali. Pokémon terrestres ficam nas margens de ilhas próximas, e os demais Pokémons se aproximavam pelo ar ou pela água.

   Os heróis e a Equipe Rocket conseguem escapar da nave, e ao fugir dela, Ash encontra a esfera do trovão. Neste instante aparece Articuno, que começa a batalhar com Zapdos e Moltres. Tentando fugir de barco, um enorme redemoinho leva todos para uma ilha onde está um Slowking, um Pokémon que a gerações preserva a profecia da Fera do Mar. Ele explica o que está acontecendo e Ash põe as duas esferas que conseguiu em uma espécie de altar de pedra no meio do santuário em que está. Através desse altar ele vê as Ilhas do Fogo, do Gelo e do Raio.

   As águas começam a ficar violentas até que surge Lugia, a Fera do Mar do qual falava a profecia, que trava uma batalha contra os outros três pássaros lendários. Porém Lugia acaba sendo atacado e cai na água derrotado. Melody lembra que o som que Lugia faz é o mesmo da música de seu ritual e a toca com sua ocarina. O Guardião dos Mares se recupera e passa a proteger Ash enquanto ele vai até a Ilha do Gelo, onde está a última esfera, peça fundamental para se cumprir acabar com a grande luta.

   O "escolhido", como foi chamado Ash, pega restos do barco de Melody que usou e desliza pela neve onde antes era um vasto oceano, usando Charizard, Squirtle e Bulbasaur. Mas ele não consegue escapar dos ataques de Zapdos, Articuno e Moltres e acaba tendo seu caminho bloqueado. E então, inesperadamente, aparecem Jessie, James e Meowth, dispostos a ajudar com o bote que conseguiram. Assim, partem os quatro para a Ilha do Gelo. Enquanto isso, em um helicóptero, se aproximam do caos o Professor Carvalho, a Professora Ivy, a mãe de Ash, Delia Ketchum, e uma emissora de televisão. Carvalho explica que as três ilhas são conhecidas como a origem das águas do planeta, e que um desequilíbrio dessas ilhas poderia causar inundações, desastres marítimos e alterações no clima em todo planeta. Assim o helicóptero chega na ilha do santuário de Slowking, mas ainda longe de Misty, Tracey e Melody.

   Ash e a Equipe Rocket chegam na Ilha do Gelo e depois de percorrerem muito, conseguem a terceira esfera. Entretanto, o bote é perdido com a luta de Articuno, Zapdos e Moltres, e Ash e a Equipe Rocket não têm mais como voltar. Assim Lugia aparece e coloca Ash em suas costas. A Equipe Rocket se agarra em uma das patas de Lugia. Eles precisam chegar na ilha onde se encontra o santuário de Slowking. Lugia tenta fazer manobras para se esquivar dos ataques dos Pokémons lendários e o trio de vilões acabam concluindo que Lugia não conseguiria com o peso deles, e Jessie, James e Meowth se jogam na água, em um suicídio, mas ao cair no mar eles acabam sobrevivendo. Lugia ainda é atacado pela colecionador e Ash cai na água, onde desmaia. Enquanto isso os três pássaros lendário descansam do caos que estavam fazendo, pousando em terra.

   Misty decide resgatar Ash e junto com Tracey o encontra na água e o retira de lá. Ash, já reanimado e no santuário de Slowking, coloca a esfera do gelo que restava no santuário. Nesse momento uma água verde colore o santuário e Melody toca sua música, que leva a água até as Ilhas do Fogo, Gelo e Raio e faz com que os pássaros lendários que estavam debilitados voem alegremente em torno das ilhas. Com a paz reinando novamente, Lugia convida Ash para voar em suas costas. Logo Zapdos, Moltres e Articuno voltam para suas respectivas ilhas e Lugia, depois de agradecer Ash, volta para as profundezas do mar.

   Depois de voltar ao santuário, a mãe de Ash aparece, e diz que Ash não foi um herói apenas hoje, mas como filho ele é todos os dias.

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   Lawrence III ainda encontra o seu raríssimo card de Mew e pensa em recomeçar, porém não falando se irá recomeçar de maneira justa ou não.