Ash, Pikachu e todo o universo Pokémon estão de volta, para dessa vez enfrentarem uma força que está provocando o desequilíbrio de todo o universo em que vivem. Enquanto Ash, Misty e Tracey viajam num barco, Lawrence III, um colecionador de cards Pokémon, prepara seu mais novo plano: capturar o raro Lugia, a Fera dos Mares. Para tanto, provoca uma catástrofe climática quando ataca e retira de suas ilhas os três pássaros sagrados: Moltres, o titã do fogo; Zapdos, o titã do trovão; e Articuno, o titã do gelo. Para evitar o completo colapso do mundo em que vivem, os Pokémons e seus treinadores resolvem se unir para enfrentar juntos Lawrence III. 

Este filme foi lançado simultaneamente nos cinemas do Brasil e dos Estados Unidos. Juntamente com ele você poderá assistir ao mini-filme chamado "Pikachu ao Resgate".

Pokémon 2000 também mostra Pokémons novos, como Lugia, Slowking, Ledyba, Elekid, Bellossom, Marill e Togepi.

Pokémon - O Filme 2000: Pokémon - The Movie 2000

A Revelação de Lugia: Lugia Revelation

Pokemon Miragem - O Nascimento Explosivo de Lugia: Mirage Pokemon - Lugia’s Explosive Birth

O Poder de Um: The Power of One

Pikachu ao Resgate: Pikachu Rescue Adventure

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- No fim do filme, Ash se encontra com o professor Carvalho. Neste momento, ele poderia ter entregado a bola GS, visto que ela foi o motivo do professor mandar Ash para as Ilhas Laranja.
- Tracey também vê professor Carvalho e a mãe do Ash no fim do filme, porém, no anime, age como se nunca tivesse os visto quando chega em Pallet.
- Melody chamou Misty pelo nome, porém o único que havia se apresentado era Ash.
- O computador de Lawrence III disse que Articuno, Zapdos e Moltres eram espécies únicas das Ilhas Laranja, porém outros exemplares dessas aves já apareceram no anime por mais de uma vez.
- Na versão japonesa, a profecia não mencionava Ash especificamente, apenas dizia sobre um treinador excepcional.
- Os primeiros nomes da srª Ketchum, profº Carvalho e profª Ivy são revelados nesse filme (Delia, Samuel e Felina, respectivamente).